Patienten mit Hirnstamminfarkt sind entweder in Folge ihrer sehr ausgeprägten Symptome oder aber wegen der bestehenden Risiken des weiteren Krankheitsverlaufes in jedem Fall in einer qualifizierten Rehabilitationsklinik weiter zu versorgen. Für Patienten mit ausgedehnten Hirnstamminfarkten, die tracheotomiert werden mussten (Tracheostoma = Luftröhrenschnitt) und teilweise beatmungspflichtig sind, können nur spezialisierte Zentren mit eigenen Intensivstationen und Beatmungsplätzen eine angemessene Versorgung sicherstellen. Bei bestehenden hochgradigen Lähmungserscheinungen, die häufig nur eine langsame Rückbildungstendenz zeigen sind auf den Einzelfall abgestimmte Lagerungsmaßnahmen durch erfahrene Pflegekräfte und Physiotherapeuten besonders wichtig, um Wundliegen, Schmerzen und Geschwüre zu vermeiden. Trotz dieser schwersten Beeinträchtigungen wird eine frühest mögliche Mobilisierung in den Sitz angestrebt.

Bei Patienten mit ausgeprägtem Hirnstamminfarkt liegt neben der schweren Tetraparese (Lähmung aller vier Extremitäten) immer auch eine insuffiziente (schwache) Atmung und eine Schluckstörung (Dysphagie) vor. Beim Hirnstamminfarkt entstehen oft zusätzliche schwere Beeinträchtigungen wie Sensibilitätsstörungen im Bereich des Kehlkopfes und das Unvermögen, Speichel wegzuschlucken. Die Gefahr einer Aspirationspneumonie (Lungenentzündung durch Aspiration) muss als ausgesprochen hoch eingeschätzt werden.
Es muss häufig über längere Zeit eine Ernährung über die Magensonde erfolgen.
Erst nach eindeutiger stabiler Befundbesserung und erneut durchgeführten Kontrolluntersuchungen kann die Entscheidung über die Entfernung der Trachealkanüle sowie der Magensonde getroffen werden. Abhängig vom Einzelfall kann eine begrenzte oder vollständige normale Ernährung wieder erreicht werden.

Physiotherapeuten und Ergotherapeuten erarbeiten gemeinsam eine Verbesserung des Haltungshintergrundes. In vielen Fällen ist die Lähmung der Extremitäten unterschiedlich ausgeprägt, so dass nach längerem Training zumindest eine Hand für Alltagsaktivitäten eingesetzt werden kann. Bei langer Behandlungsdauer können auch Patienten mit ausgeprägten Lähmungserscheinungen die unterschiedlichen Möglichkeiten der Gangrehabilitation (Gangtrainer, Laufbandtraining) durchlaufen und eine begrenzte Selbsthilfefähigkeit erreichen.